발굴체험교실은 참여자가 고고학자가 되어 실제 흙 속에서 유물을 발굴하거나 유물을 재현한 토기 조각을 맞춰 복원하는 체험을 통해 역사와 문화유산에 대한 흥미를 높이도록 기획한 교육이다. 초등학교 사회 과목에 나오는 청동기 시대 유물을 중점적으로 살펴보는데, 이를 통해 학교 교육과의 연계를 돕는다.

교육은 초등학교 저학년과 고학년 프로그램으로 나누어 운영한다. 8-10세 어린이를 대상으로 하는 저학년 프로그램에서는 박물관 선사·고대실에서 청동기 시대 유물을 관람한 뒤 발굴체험장에서 땅속에 묻힌 유물을 찾아보는 활동을 한다. 11-13세 어린이를 대상으로 하는 고학년 프로그램에서는 선사·고대실 관람 후 고고학자의 역할에 대해 배우고, 토기 조각을 이어 붙여 복원한 뒤 유물카드를 작성하는 직업 체험 활동을 진행한다.

발굴체험교실은 매주 토요일 오전 10시 30분부터 12시까지 진행되며, 참가비는 5,000원이다. 상·하반기 각 12회씩 총 24회를 운영하며, 8-10세 어린이 대상 프로그램은 17회, 11-13세 어린이 대상 프로그램은 7회 운영한다.